Aucun club ne passe plus d'un tour durant la compétition. Les quatre équipe qualifiées à l'issue du Tour préliminaire sont éliminées au principal. Les quatre têtes de série entrant au Tour élite monopolisent le même nombre de place qualificatives pour la phase finale.
Pour sa troisième finale de suite, le MFK Dinamo Moscou remporte pour la première fois la compétition au terme de la nouvelle phase finale à quatre disputée en un même lieu. Le club russe prend sa revanche contre ses deux adversaires lors des finales précédentes en éliminant Action 21 en demi-finale puis en prenant le meilleur sur le tenant du titre Interviu en finale. À domicile, ElPozo Murcia obtient la troisième place.
Format de la compétition
Le tour préliminaire comprend seize équipes placées dans quatre groupes dont seuls les vainqueurs respectifs accèdent au tour principal. Vingt clubs entrent en lice à ce stade de la compétition. Les deux premières des six groupes se qualifient[1].
Des quarante clubs de départs, seize équipes trouvent place au tour Élite[1].
L'Interviu, le Dynamo Moscou, Action 21 Charleroi et l'El Pozo Murcie accèdent à ce tour d'office, en tant que têtes de série (demi-finaliste la saison précédente)[2].
Ce tour donne accès à la nouvelle finale à quatre[2] disputée en un seul lieu sur trois jours.
Clubs participants
Pour la première fois, quarante formations prennent part à la compétition[2].
Les quatre groupes du tour préliminaire sont remportés par le FC Adana Erevan, Toligma Chisinau, le Lituanien FK Nafta Mažeikiai et Skövde AIK, une équipe suédoise de division inférieure de football dont les joueurs passent au futsal en hiver[1].
Les matchs ont lieu du 10 au 16 septembre 2006[3].
Les deux premières équipes des six groupes se qualifient, y compris les demi-finalistes de l'édition précédente Kairat Almaty et le FC Shakhtar Donetsk[1].
Placées dans quatre groupes différents, ces mêmes équipes remportent leur qualification pour la nouvelle finale à quatre[2] disputée en un seul lieu[1] sur trois jours.
En deuxième période, les buts de Pavel Kobzar et de l'ancien joueur de Charleroi Kelson offrent une victoire 3-1 au Dinamo contre Action 21. Moscou prend sa revanche de sa défaite en finale contre Charleroi en 2005[1].
ElPozo mène 2-1 après le premier but de Kike, l'égalisation de Marquinho puis que Vinicius Elías permettent aux hôtes de passer avant à cinq minutes du terme de la rencontre. Mais, à moins de deux minutes du coup de sifflet finale, Schumacher égalise et, à une seconde de la fin, Daniel offre la qualification au champion en titre Interviú (2-3)[1].
Vengé de sa finale de 2005, le Dinamo réédite sa performance contre son adversaire de 2006, Interviú. Kelson marque à la 13e minute. À la 39e minute, Neto égalise mais, à quelques secondes de la fin, la récente recrue moscovite Pula permet à son équipe de devenir seulement le second vainqueur non-espagnols[1].