Imagem | Período | Nome | Nota |
| 1542–1546 | Blasco Núñez Vela (nomeado 1542, chegada 1544) | |
| 1544–1548 | Gonzalo Pizarro | Governador do Peru, em oposição ao vice-rei |
| 1546–1550 | Pedro de La Gasca | Presidente da Audiência |
| 1550–1552 | Antonio de Mendoza | |
| 1552–1555 | Melchor Bravo de Saravia | Presidente da Audiência |
| 1555–1561 | Andrés Hurtado de Mendoza | |
| 1561–1564 | Diego López de Zúñiga | |
| 1564 | Juan de Saavedra | Presidente da Audiência |
| 1564–1569 | Lope García de Castro | Presidente da Audiência |
| 1569–1581 | Francisco de Toledo | |
| 1581–1583 | Martín Enríquez de Almanza | |
| 1584 | Cristóbal Ramírez de Cartagena | Presidente da Audiência |
| 1584–1589 | Fernando Torres de Portugal y Mesía | |
| 1589–1596 | García Hurtado de Mendoza | |
| 1596–1604 | Luis de Velasco y Castilla | |
| 1604–1606 | Gaspar de Zúñiga y Acevedo | |
| 1607 | Diego Núñez de Avendaño | Presidente da Audiência |
| 1607–1615 | Juan de Mendoza y Luna | |
| 1615–1621 | Francisco de Borja y Aragón | |
| 1621–1622 | Juan Jiménez de Montalvo | Presidente da Audiência |
| 1622–1629 | Diego Fernández de Córdoba | |
| 1629–1639 | Luis Jerónimo de Cabrera, conde de Chinchón | |
| 1639–1648 | Pedro Álvarez de Toledo y Leiva | |
| 1648–1655 | García Sarmiento de Sotomayor | |
| 1655–1661 | Luis Enríquez de Guzmán | |
| 1661–1666 | Diego de Benavides y de la Cueva | |
| 1666–1667 | Bernardo de Iturriaza | Presidente da Audiência |
| 1667–1672 | Pedro Antonio Fernández de Castro | |
| 1672–1674 | Bernardo de Iturriaza | Presidente da Audiência |
| 1674–1678 | Baltasar de la Cueva Enríquez | |
| 1678–1681 | Melchor Liñán y Cisneros | |
| 1681–1689 | Melchor de Navarra y Rocafull | |
| 1689–1705 | Melchor Portocarrero | |
| 1705–1707 | Miguel Núñez de Sanabria | Presidente da Audiência |
| 1707–1710 | Manuel de Oms y de Santa Pau | |
| 1710 | Miguel Núñez de Sanabria | Presidente da Audiência |
| 1710–1716 | Diego Ladrón de Guevara | Bispo de Quito |
| 1716 | Mateo de la Mata Ponce de León | Presidente da Audiência |
| 1716 | Diego Morcillo Rubio de Auñón | |
| 1716–1720 | Carmine Nicolao Caracciolo | |
| 1720–1724 | Diego Morcillo Rubio de Auñón | |
| 1724–1736 | José de Armendáriz | |
| 1736–1745 | José Antonio de Mendoza | |
| 1745–1761 | José Manso de Velasco | |
| 1761–1776 | Manuel de Amat y Juniet | |
| 1776–1780 | Manuel de Guirior | |
| 1780–1784 | Agustín de Jáuregui | |
| 1784–1790 | Teodoro de Croix | |
| 1790–1796 | Francisco Gil de Taboada | |
| 1796–1801 | Ambrosio O'Higgins | |
| 1801 | Manuel Arredondo y Pelegrín | Presidente da Audiência |
| 1801–1806 | Gabriel de Avilés | |
| 1806–1816 | José Fernando de Abascal y Sousa | |
| 1816–1821 | Joaquín de la Pezuela | |
| 1821–1824 | José de la Serna e Hinojosa | |
| 1824–1826 | Pío de Tristán |