Šajkaška je dobila ime po šajkašima. Šajkaši su bili specifičan rod austrijske vojske, koji se kretao u uskim, dugačkim brodovima, poznatim kao šajke. Ove vojne jedinice su operisale na Dunavu, Tisi, Savi i Morišu.
Šajkaški bataljon, kao deo Vojne granice, formiran je 1763. godine. U početku, stanovništvo regiona su u potpunosti sačinjavali Srbi, koji su bili hrabri i vešti ratnici. Šajkaši su učestvovali u mnogim bitkama protiv Turaka, a njihovo učešće je bilo od velike važnosti.
1852. godine, Šajkaški bataljon je transformisan u Titelski pešadijski bataljon. Ova vojna jedinica je ukinuta 1873. godine, a region je priključen Bačko-Bodroškoj županiji.
Danas je Šajkaška uglavnom poljoprivredni kraj, sa razvijenom prehrambenom industrijom.