SYVN1

Ідентифікатори

Символи

SYVN1, DER3, HRD1, synoviolin 1

Зовнішні ІД

OMIM: 608046 MGI: 1921376 HomoloGene: 32700 GeneCards: SYVN1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• chaperone binding • unfolded protein binding • ATPase binding • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • ubiquitin-specific protease binding • GO:1904264, GO:1904822, GO:0090622, GO:0090302 ubiquitin protein ligase activity • transferase activity
Клітинна компонента	• integral component of membrane • endoplasmic reticulum membrane • нуклеоплазма • smooth endoplasmic reticulum • integral component of endoplasmic reticulum membrane • endoplasmic reticulum quality control compartment • Derlin-1 retrotranslocation complex • Hrd1p ubiquitin ligase complex • Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex • мембрана • ендоплазматичний ретикулум
Біологічний процес	• protein stabilization • protein K48-linked ubiquitination • retrograde protein transport, ER to cytosol • IRE1-mediated unfolded protein response • negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway • protein N-linked glycosylation via asparagine • endoplasmic reticulum mannose trimming • ERAD pathway • Відповідь на незгорнуті білки • ubiquitin-dependent ERAD pathway • Убіквітин-залежний протеоліз • ubiquitin-dependent protein catabolic process
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


84447


74126

Ensembl


ENSG00000162298


ENSMUSG00000024807

UniProt


Q86TM6


Q9DBY1

RefSeq (мРНК)


NM_032431 NM_172230


NM_001164709 NM_028769

RefSeq (білок)


NP_115807 NP_757385


NP_001158181 NP_083045

Локус (UCSC)

Хр. 11: 65.12 – 65.13 Mb

Хр. 19: 6.1 – 6.1 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SYVN1 (англ. Synoviolin 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 617 амінокислот, а молекулярна маса — 67 685^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MFRTAVMMAA	SLALTGAVVA	HAYYLKHQFY	PTVVYLTKSS	PSMAVLYIQA
FVLVFLLGKV	MGKVFFGQLR	AAEMEHLLER	SWYAVTETCL	AFTVFRDDFS
PRFVALFTLL	LFLKCFHWLA	EDRVDFMERS	PNISWLFHCR	IVSLMFLLGI
LDFLFVSHAY	HSILTRGASV	QLVFGFEYAI	LMTMVLTIFI	KYVLHSVDLQ
SENPWDNKAV	YMLYTELFTG	FIKVLLYMAF	MTIMIKVHTF	PLFAIRPMYL
AMRQFKKAVT	DAIMSRRAIR	NMNTLYPDAT	PEELQAMDNV	CIICREEMVT
GAKRLPCNHI	FHTSCLRSWF	QRQQTCPTCR	MDVLRASLPA	QSPPPPEPAD
QGPPPAPHPP	PLLPQPPNFP	QGLLPPFPPG	MFPLWPPMGP	FPPVPPPPSS
GEAVAPPSTS	AAALSRPSGA	ATTTAAGTSA	TAASATASGP	GSGSAPEAGP
APGFPFPPPW	MGMPLPPPFA	FPPMPVPPAG	FAGLTPEELR	ALEGHERQHL
EARLQSLRNI	HTLLDAAMLQ	INQYLTVLAS	LGPPRPATSV	NSTEETATTV
VAAASSTSIP	SSEATTPTPG	ASPPAPEMER	PPAPESVGTE	EMPEDGEPDA
AELRRRRLQK	LESPVAH

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як відповідь на стрес, убіквітинування білків, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у мембрані, ендоплазматичному ретикулумі.

Література

Kaneko M., Ishiguro M., Niinuma Y., Uesugi M., Nomura Y. (2002). Human HRD1 protects against ER stress-induced apoptosis through ER-associated degradation. FEBS Lett. 532: 147—152. PMID 12459480 DOI:10.1016/S0014-5793(02)03660-8
Nagase T., Nakayama M., Nakajima D., Kikuno R., Ohara O. (2001). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XX. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 8: 85—95. PMID 11347906 DOI:10.1093/dnares/8.2.85
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Lilley B.N., Ploegh H.L. (2005). Multiprotein complexes that link dislocation, ubiquitination, and extraction of misfolded proteins from the endoplasmic reticulum membrane. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102: 14296—14301. PMID 16186509 DOI:10.1073/pnas.0505014102
Arteaga M.F., Wang L., Ravid T., Hochstrasser M., Canessa C.M. (2006). An amphipathic helix targets serum and glucocorticoid-induced kinase 1 to the endoplasmic reticulum-associated ubiquitin-conjugation machinery. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103: 11178—11183. PMID 16847254 DOI:10.1073/pnas.0604816103
Christianson J.C., Shaler T.A., Tyler R.E., Kopito R.R. (2008). OS-9 and GRP94 deliver mutant alpha1-antitrypsin to the Hrd1-SEL1L ubiquitin ligase complex for ERAD. Nat. Cell Biol. 10: 272—282. PMID 18264092 DOI:10.1038/ncb1689

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:20738 (англ.) . Архів оригіналу за 6 квітня 2016. Процитовано 8 вересня 2017.
↑ UniProt, Q86TM6 (англ.) . Архів оригіналу за 28 січня 2018. Процитовано 8 вересня 2017.