La saison 2016 du championnat des Comores de football est la trente-deuxième édition de la première division comorienne. Après une phase régionale se déroulant de février à , les champions de première division des trois îles des Comores (Anjouan, Grande Comore et Mohéli) s'affrontent dans une triangulaire en matchs aller et retour au sein d'une poule unique.
C’est le représentant de l’île de Grande Comore, le Ngaya Club, qui est sacré cette saison après avoir terminé en tête du tournoi triangulaire. Il s’agit du tout premier titre de champion des Comores de l’histoire du club.
Phase régionale
La phase régionale se déroulant de février à . Le classement est établi sur le barème de points classique (victoire à 3 points, match nul à 1, défaite à 0).
Djabal Club est exclu du championnat après les incidents survenus lors de la 6e journée face à Ngaya Club. Tous ses résultats sont annulés.
Championnat de Mohéli
Le Fomboni FC est sacré champion de Mohéli, devançant au classement final le tenant du titre, Belle-Lumière de Djoiezi et Ouragan Sport. Il se qualifie donc pour la phase nationale.