COL20A1 |
---|
|
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB | Список кодів PDB | 2DKM, 2EE3, 2EKJ, 5KF4 | | |
Ідентифікатори |
---|
Символи | COL20A1, bA261N11.4, collagen type XX alpha 1, collagen type XX alpha 1 chain |
---|
Зовнішні ІД | MGI: 1920618 HomoloGene: 75138 GeneCards: COL20A1 |
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • calcium ion binding • mannose binding |
---|
Клітинна компонента | • GO:0005578 Позаклітинна матриця • extracellular region • колаген • endoplasmic reticulum lumen • міжклітинний простір • collagen-containing extracellular matrix |
---|
Біологічний процес | • complement activation, lectin pathway • growth plate cartilage chondrocyte morphogenesis |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | |
---|
RefSeq (білок) | | |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 20: 63.29 – 63.33 Mb | Хр. 2: 180.63 – 180.66 Mb |
---|
PubMed search | [1] | [2] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
COL20A1 (англ. Collagen type XX alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на довгому плечі 20-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 284 амінокислот, а молекулярна маса — 135 830[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MSSGDPAHLG | | LCLWLWLGAT | | LGREQVQASG | | LLRLAVLPED | | RLQMKWRESE |
GSGLGYLVQV | | KPMAGDSEQE | | VILTTKTPKA | | TVGGLSPSKG | | YTLQIFELTG |
SGRFLLARRE | | FVIEDLKSSS | | LDRSSQRPLG | | SGAPEPTPSH | | TGSPDPEQAS |
EPQVAFTPSQ | | DPRTPAGPQF | | RCLPPVPADM | | VFLVDGSWSI | | GHSHFQQVKD |
FLASVIAPFE | | IGPDKVQVGL | | TQYSGDAQTE | | WDLNSLSTKE | | QVLAAVRRLR |
YKGGNTFTGL | | ALTHVLGQNL | | QPAAGLRPEA | | AKVVILVTDG | | KSQDDVHTAA |
RVLKDLGVNV | | FAVGVKNADE | | AELRLLASPP | | RDITVHSVLD | | FLQLGALAGL |
LSRLICQRLQ | | GGSPRQGPAA | | APALDTLPAP | | TSLVLSQVTS | | SSIRLSWTPA |
PRHPLKYLIV | | WRASRGGTPR | | EVVVEGPAAS | | TELHNLASRT | | EYLVSVFPIY |
EGGVGEGLRG | | LVTTAPLPPP | | RALTLAAVTP | | RTVHLTWQPS | | AGATHYLVRC |
SPASPKGEEE | | EREVQVGRPE | | VLLDGLEPGR | | DYEVSVQSLR | | GPEGSEARGI |
RARTPTLAPP | | RHLGFSDVSH | | DAARVFWEGA | | PRPVRLVRVT | | YVSSEGGHSG |
QTEAPGNATS | | ATLGPLSSST | | TYTVRVTCLY | | PGGGSSTLTG | | RVTTKKAPSP |
SQLSMTELPG | | DAVQLAWVAA | | APSGVLVYQI | | TWTPLGEGKA | | HEISVPGNLG |
TAVLPGLGRH | | TEYDVTILAY | | YRDGARSDPV | | SLRYTPSTVS | | RSPPSNLALA |
SETPDSLQVS | | WTPPLGRVLH | | YWLTYAPASG | | LGPEKSVSVP | | GARSHVTLPD |
LQAATKYRVL | | VSAIYAAGRS | | EAVSATGQTA | | CPALRPDGSL | | PGFDLMVAFS |
LVEKAYASIR | | GVAMEPSAFG | | GTPTFTLFKD | | AQLTRRVSDV | | YPAPLPPEHT |
IVFLVRLLPE | | TPREAFALWQ | | MTAEDFQPLL | | GVLLDAGKKS | | LTYFHRDPRA |
ALQEATFDPQ | | EVRKIFFGSF | | HKVHVAVGRS | | KVRLYVDCRK | | VAERPLGEMG |
SPPAAGFVTL | | GRLAKARGPR | | SSSAAFQLQM | | LQIVCSDTWA | | DEDRCCELPA |
SRDGETCPAF | | VSACSCSSET | | PGPPGPQGPP | | GLPGRNGTPG | | EQGFPGPRGP |
PGVKGEKGDH | | GLPGLQGHPG | | HQGIPGRVGL | | QGPKGMRGLE | | GTAGLPGPPG |
PRGFQGMAGA | | RGTSGERGPP | | GTVGPTGLPG | | PKGERGEKGE | | PQSLATLYQL |
VSQASHVSKF | | DSFHENTRPP | | MPILEQKLEP | | GTEPLGSPGT | | RSKALVPGEW |
GRGGRHLEGR | | GEPGAVGQMG | | SPGQQGASTQ | | GLWE |
Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Секретований назовні.
Література
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143—150. PMID 10819331 DOI:10.1093/dnares/7.2.143
Примітки
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:14670 (англ.) . Архів оригіналу за 15 вересня 2015. Процитовано 21 вересня 2017.
- ↑ UniProt, Q9P218 (англ.) . Архів оригіналу за 29 грудня 2016. Процитовано 21 вересня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |